通常のレーシックの場合でも、精巧なフラップをマイクロケラトームで作成する事は可能と言われています。
しかし、カンナ部分の往復運動が原因で、若干でこぼこがフラップの断面に生じたり、フラップのつなぎ目のヒンジと呼ばれる部分が斜めになる事があり、まれにシワが生じる事もあります。
その一方で、イントラレーシックでは、フラップをコンピュータ制御によって作成するので、断面もヒンジの部分も非常に精巧な仕上がりとなります。
さらに、従来のレーシックよりもイントラレーシックのほうが、フラップを薄く正確に作成する事ができるので、角膜の実質層を削り取れる量が増えます。
そのため、通常のレーシックに比べて、より強度の近視を矯正する事ができるのです。
ただし、イントラレーシックでは、フラップの作成や接着に時間がかかったり、層間角膜炎(DLK)が発生する場合もあるといった欠点も指摘されています。